会议共有26个大会报告，涉及两岸物理学发展与院系状况、物理教育与英才培养、课程教学与实验教学、青年教师培养和两岸交流等各个方面，通过交流和讨论，进一步加强了两岸物理学界之间的了解并充分展示了各校在物理教学、人才培养和年轻教师培养等方面的特色，为提高两岸大学物理学的教学水平起到了重要作用。
海峡两岸物理研讨会暨物理系主任联席会于2006年由两岸主要几所大学发起，旨在加强两岸物理学科学研究、教育、人才培养和两岸交流等方面的沟通与合作，前三届会议分别在台湾谈江大学（2006）、北京大学（2007）和新竹清华大学（2008）召开。
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